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scripts/blast-tasks.sh

@@ -0,0 +1,21 @@
+#!/bin/bash
+DIR=$( cd -- "$( dirname -- "${BASH_SOURCE[0]}" )" &> /dev/null && pwd )
+cd $DIR/..
+
+# Download 
+if [ ! -f data/swissprot.fasta ]; then
+    wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/swissprot.gz
+    gunzip swissprot.gz
+    mv swissprot data/swissprot.fasta
+    rm -f swissprot.gz
+else
+    echo skipped: data/swissprot.fasta already exists
+fi
+
+# if [ ! -f data/swissprot.fasta.pdb ]; then
+#     makeblastdb -in data/swissprot.fasta -input_type fasta -title swissprot -dbtype prot
+# else
+#     echo skipped: swissprot DB already exists
+# fi
+
+(cd data && blastp -query brca1.fasta -db swissprot.fasta -outfmt 5 > ../output/brca1_swissprot_out.xml)